古代的人类并没有多少解剖学的知识，人体内部的器官对大多数人而言，都是非常抽象的，除了想象之外，没有什么更好的方法来形容。不但器官的形体无法形容，器官的性质和功能就更不容易说明了。自然界的金、木、水、火、土这些元素，多数人都能理解其特性，因此非常适合用来把抽象的人体器官性质解释清楚。同时这些元素的性质，也给医生们提供了思考和演绎疾病成因的灵感。

中医理论认为人体的器官不是独立存在的，每一个器官都是一个系统，包含了器官本体，以及和每一个器官相对应的经络和穴位。这种情形和现代的电灯系统有点类似，器官就像灯泡一样，经络则像是接引电源至灯泡的电线，穴位则像是接在电线上的开关。包含灯泡、电线和开关的完整组合，才能称之为电灯系统。当灯泡不亮时，可能是没有电，也可能是开关坏了，或是电线有问题，或是灯泡坏了。而器官的功能不好时，可能是身体的血气（能量）不足（就像电灯没有电），也可能是穴位阻塞（就像开关坏了），或经络堆了太多的垃圾形成不畅通的状态（就像电线有问题），或器官出了问题（就像灯泡坏了）。

中国人有一句俗语“头痛医头，脚痛医脚”，是用来形容医疗技术非常差的医生。当患者出现疾病的症状时，医术高明的中医必须仔细观察患者，利用古代流传下来的医书里介绍的技术，以及长期积累的经验，找出疾病的真正根源。例如当我们喝温度很低的冰水时，如果喝得很急，常常会在脸部侧面直到额头太阳穴出现一条线状部位的疼痛。从中医的观点来看，那条疼痛的线是胃的经络，因此，这种疼痛代表喝冰水太急时，会伤到胃的症状。也就是说，这种额头上的疼痛实际上来自胃的疾病。胃的经络分布的位置是从头部到脚部左右对称的两条很长的线，如果在这条经络的头部出现疼痛，中医会认定是胃的疾病，但是却可能在胃经脚部的穴位进行针灸。

因此，头部的疼痛，有时要在脚上治疗。也就是说，“头痛不一定医头，脚痛不一定医脚”。在古代的中国，如果一个医生只会“头痛医头，脚痛医脚”，人们一定会怀疑他的医疗技术。

五脏六腑是中国人用了几千年的一个名词，就是指人体内的主要器官。中国人把人体内部的主要器官分为“脏”和“腑”两个大类。“脏”是指实心或有机构的器官，有心、肝、脾、肺、肾五个脏。“腑”是指空心的容器，有小肠、胆、胃、大肠、膀胱五个腑，另外将人体的胸腔和腹腔合并起来作为第六个腑，称为三焦。

脏和腑除了在性质上有很大的差异之外，其经络的位置也有很大的不同。所有脏的经络都在手臂和腿部的内侧，以及身体的前侧。腑的经络则在手臂和腿部的外侧，以及身体的背面。当人体面临危险的威胁时，会本能地弯曲起身躯，所有脏的经络都在身体的内侧，受到了非常好的保护，只有腑的经络暴露在外。相比之下，脏远比腑重要，如果人的身体真的是造物主所设计，这样的安排是非常合理而高明的。中国人的这种“脏”和“腑”的分类方法，体现了极高的观察力和智慧。

另外，古代的中医还发现每一条脏的经络都和另一条腑的经络紧密相连。例如手臂上肺的经络和大肠的经络分别在手臂的内外两侧，用针刺穴位治疗时，如果针尖到达的位置真正是经络的所在，那么肺和大肠的经络实际上可能只有几毫米的距离。

虽然从解剖学来看，肺和大肠在完全不同的位置，甚至找不出任何关联。但是从经络上看，这两个器官却是紧密相连的，而两条经络上的各种物理特性，例如温度、导电性、体液流动等，都会互相影响。古代的中医就把这两个器官视为相同的系统，称为“互为表里”。

中医经过几千年的观察，也确认了这两个器官发生变化时，经常是同步而且性质相同的。例如，人体出现感冒的症状时，在中医看来，这是肺热的现象（热和寒的症状是中医疾病诊断中非常重要的指标），这时通常也会伴随着便秘的症状，中医称这时的便秘为大肠燥热症。

类似于肺与大肠互为表里的情形也发生在心和小肠、肝和胆、脾和胃、肾和膀胱等器官之间。这种“脏腑互为表里”的归纳方法，把原来的十个器官减少到五个体系，人体系统分析诊断的复杂程度立刻大幅下降。这样也有机会用五行中的五个元素，来描述所有脏和腑之间的复杂关系。

除了这五个主要的脏和腑之外，古代的中医还发现另外四条主要的经络。第一条是在手臂内侧的中心在线，称为心包经，和心包的功能有密切关系，这条经络功能的好坏直接影响血液运行的状态。第二条是位于手臂外侧的中心在线，称为三焦经，经常会反映胸腔和腹腔的问题，这条经络功能的好坏直接影响“气”的运行状态。第三条是位于人体躯干正面的中心在线，称为任脉。第四条在人体背面，称为督脉。任脉和督脉与身体所有器官都有关联，是人体最重要的经络。

由于心包和心脏是在一起的，而三焦却和所有其他的腑没有关联，因此，中国人就把所有脏腑称为“五脏六腑”。五脏是心、肝、 脾、肺、肾，其中的心包含了心脏和心包两个系统；六腑则是小肠、 胆、胃、大肠、膀胱、三焦。除了前面所说的五脏和五腑互为表里外，心包和三焦则是另一组互为表里的经络。

比较中、西医对人体系统的描述，可以看出，西医是以近代的解剖学为基础，以眼睛所见的硬件结构来建立系统，各个系统都是独立的，系统之间并没有太多的关系。中医则是累积了数千年人类经验所形成的智能体系，以推理的方式，就整个人体的软硬件结构建立一个具备了缜密的逻辑和结构的系统，因此能够沿用数千年。

在中国古代的书籍中，很少提到“脑”，这也是中西医概念上很大的差异之一。

中医的观点中，人体是一体的，五脏六腑之间有非常紧密的关系，而且是经常保持平衡的。除了解剖学所提到的硬件之外，中医还有许多概念性或功能性的系统，例如能量系统、资源管理系统等。在过去科技不发达、没有测量仪器的年代，由于缺乏数字概念，医书中只能用各种特殊的名称来表示这些系统。如能量系统就用阴、阳、五 行、虚、实、血气和火来表示；资源管理系统则用相生相克、平衡及其他的方式来表示。由于这些描述和现代科学精确的数据化用语有很大的差异，使得整个中医看起来成为难以理解的玄学。

从现代工程学来看，就人体这样一个独立运行的系统而言，依据解剖学所建立的现代医学人体系统有很多缺陷。例如，能量系统是所有独立个体不可或缺的部分。就像个人计算机中的电源供给系统、汽车上的油路系统和电路系统都是系统中的能量系统，是各自非常重要的部分，唯独现代医学所描述的人体系统中没有这个部分。

在中医的系统中，还有一个非常重要的部分，就是人体的经络系统。这个部分多年来在解剖学上一直都不能被证实，直到1998年中国的一个科研小组经过8年的努力，总算在解剖的过程中找到经络确实存在的证据，发现整个经络系统中最重要的物质是一种生物液晶，它对某些特定波长的远红外线具有近似光纤维的物理特性。这些新的发现配合20世纪末全球计算机网络的发展，很容易让人联想到人体也是由一个网络系统所构成的世界。这些经络物质和电子通信网络中的物质特性如此接近，更增添了这种可能性。

在生物进化的早期阶段，一些低等动物并没有大脑，经络系统是这些动物体内调节各个脏器的主要部分。套用现代计算机术语来说，这些经络系统本身就具备通讯的功能，一个机体很可能不止一个计算机，也就是说动物的机体很可能不是只有单一的脑子，而是有很多个不同功能的“脑子”，它们相互关联，构成了一个网络系统。这个观点和现代医学认为大脑主宰人体诸多机能的观点有很大差别。